Ferramentas para ômicas

		SUPER-FOCUS SUPER-FOCUS, an agile homology-based approach using a reduced SEED database to report the subsystems present in metagenomic samples and profile their abundances. The tool was tested with over 70 real metagenomes, and the results show that our approach accurately predicts the subsystems present in microbial communities, and it can be up to over 1,000 times faster than other tools.
		BaMBa Brazilian Marine Biodiversity Database (BaMBa) is a national open data infrastructure. Datasets obtained from integrated holistic studies, comprising physical-chemical parameters, -omics, microbiology, benthic and fish surveys can be deposited enabling scientific, industrial, and governmental policies and actions on marine resources uses and management.
		FOCUS: An Alignment-Free Model To Identify Organisms In Metagenomes Using Non-Negative Least Squares UsageFOCUS, um modelo inovador e ágil para o perfil e encontrar os organismos presentes em amostras metagenomic com base no uso composição sem dependências de comprimento de seqüência.
		Coral GuideNosso grupo busca conhecer ainda mais os aspectos coralíneos do arquipélago de Abrolhos e com intuito de facilitar ainda mais a compreensão do principais grupo de corais da região buscamos elaborar Uma versão eletrônica “guia eletrônico para identificação de corais – Arquipélago Abrolhos;
		Scaffold_builder Software para encomendar contigs gerados pelo projecto de sequenciação ao longo de uma seqüência de referência. Lacunas são preenchidas com N e de pequenas sobreposições estão alinhados com Muscle eo consenso criado com códigos IUPAC. Scaffold_builder pode ajudar na montagem e anotação de genomas, revelando o que está faltando e permitindo sequenciamento direcionado para fechar essas lacunas.
		PRINSEQUma ferramenta de processamento de seqüência que pode ser usada para filtrar, formatar e aparar dados da seqüência genômica e metagenomic. Ela gera estatísticas resumo da entrada em formato gráfico e tabular que pode ser usado para as etapas de controle de qualidade. PRINSEQ está disponível tanto como autônomo e versão baseada em web.
		TagCleaner Ferramenta para detectar e remover as sequências de marcas (por exemplo, etiquetas WTA ou MID) a partir de conjuntos de dados metagenomic eficiente. TagCleaner está disponível tanto como autônomo e versão baseada em web.
		DeconSeq Ferramenta para detectar e remover qualquer tipo de contaminação seqüência conhecida a partir de conjuntos de dados metagenomic eficiente. A ferramenta utiliza uma versão modificada do alinhador BWA–SW e pode ser aplicada a conjuntos de dados mais longos de leitura (150 pb + lido de comprimento). DeconSeq está disponível tanto como autônomo e versão baseada em web.
		riboPicker Ferramenta para identificar automaticamente e remover de forma eficiente seqüências de rRNA–como de conjuntos de dados metatranscriptomic. A ferramenta foi projetada para processar conjuntos de dados mais longos de leitura (150 + bp ler comprimento), mas funciona em 100 + bp lê também. riboPicker está disponível tanto como autônomo e versão baseada em web.
		Xipe-TotecA ferramenta estatística escrito por Beltran Rodriguez. Nós o utilizamos para analisar os primeiros metagenomes baseada pyrosequencing (da mina Soudan em Minnesota) e as amostras originais Sargasso de Venter. Você pode baixar o código fonte do Xipe-Totec, ou usar a versão online da ferramenta.
		RTMg Serviços de anotação metagenome em diversas plataformas de tecnologia, que incluem a criação de scripts CGI e serviços web (RTMg.web), o novo sistema operacional Android telefone celular (RTMg.mob), e todos os sites de redes sociais baseados em OpenSocial (RTMg.os)
		SEED database tools A base de dados SEED de genomas microbianos é usado em muitos projetos. Trabalhamos com nossos colegas em Argonne National Laboratory para desenvolver a SEED e as ferramentas de que o acesso e utilização.
		crAss: Reference-independent comparative metagenomics using cross-assembly Crass é uma ferramenta web para metagenômica comparativos utilizando cross-montagem.